Em janeiro de 1979, Afonso Pereira assumiu o cargo de procurador da Santa Casa de Misericórdia. Além de atuar como provedor da instituição, ele deixou um legado significativo ao criar uma biblioteca, um setor de história, um arquivo e um museu entre setembro e novembro de 1980. Também implementou um setor jurídico e fortaleceu a bibliografia médica. Além disso, obteve recursos do IPHAN para realizar obras de reforma e recuperação do Hospital Santa Isabel e da Escola de Enfermagem Santa Emília de Rodat. Como administrador, Afonso Pereira supervisionou diversos setores da Santa Casa, incluindo o ambulatório Desembargador Novais Moreno, a Maternidade Santa Isabel, a igreja da Misericórdia e o arquivo geral. Sua liderança foi fundamental para o funcionamento e desenvolvimento dessas áreas no Hospital Santa Isabel.
Além disso, Afonso Pereira esteve envolvido na fundação da Santa Casa da Misericórdia da Paraíba. Essa instituição tinha como propósito atender os mais necessitados, proporcionando assistência social e cuidados de saúde. Ele compreendia que cuidar dos mais vulneráveis era uma responsabilidade coletiva e que a saúde e o bem-estar da população eram fundamentais para o progresso e a harmonia da sociedade.
A relação de Afonso Pereira com o assistencialismo do povo paraibano fortaleceu sua posição como líder engajado, que buscava não apenas o desenvolvimento intelectual e cultural, mas também o cuidado e a proteção daqueles que mais precisavam. Seu legado transcende as áreas da educação e da cultura, deixando um impacto significativo na vida das pessoas e contribuindo para a construção de uma sociedade mais inclusiva e acolhedora.
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